针对您“有合同有部分打卡记录，但工资是另一家公司转发且该公司报了个税”的情况，劳动关系的认定需结合实际用工情况判断。
您与签订合同的公司可能存在劳动关系，代发工资并申报个税的公司可能是实际支付方。

1. 若签订合同的公司是实际用工主体（安排工作、管理考勤）：即使工资由其他公司代发，仍与签订合同的公司存在劳动关系，代发公司仅为支付渠道。
2. 若代发工资并申报个税的公司实际安排工作、管理您的考勤：可能存在“事实劳动关系”，签订合同的公司可能仅为名义主体。
3. 若两家公司存在关联关系（如母子公司、同一集团）：需结合具体用工管理情况确定实际用人单位。
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针对您的情况，以下是常见的错误操作行为，需注意避免。
1. 忽视收集用工管理证据：仅依赖合同和打卡记录，未收集工作安排、上级指令等证明实际用工主体的证据，可能导致劳动关系认定困难。
2. 直接与代发公司产生冲突：未先核实代发关系，直接要求代发公司承担用人单位责任，可能因主体错误浪费维权时间。
3. 未及时核对个税申报信息：未通过个税APP确认申报记录，若申报信息与实际工资不符，可能影响后续税务或劳动纠纷处理。

若您对错误操作的后果或如何补救存疑，建议进一步向律师咨询，避免权益受损。
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您的问题处理可能受以下特殊情况影响，需特别关注。
1. 两家公司存在关联关系：若签订合同的公司与代发工资的公司是母子公司、分公司或同一集团，可能存在“混同用工”情况，此时两家公司可能需共同承担用人单位责任。例如：集团公司统一安排员工到子公司工作，由子公司代发工资，集团公司签订合同，此时两家公司均可能被认定为用工主体。
2. 代发工资协议的存在：若签订合同的公司与代发公司签订了代发工资协议，明确代发关系，可直接证明代发公司仅为支付渠道，劳动关系仍在合同公司。例如：合同公司与代发公司签订协议，约定由代发公司代发工资，此时代发行为不改变劳动关系主体。
3. 实际用工管理主体的变更：若您的工作安排、考勤管理由代发公司负责，即使签订了合同，也可能被认定为与代发公司存在事实劳动关系。例如：代发公司直接安排您的工作任务、考核您的绩效，此时代发公司可能成为实际用人单位。
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您的问题涉及劳动关系主体与个税扣缴义务人的认定，以下结合法律依据详细分析。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第七条，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。您与签订合同的公司存在书面合同，若该公司实际安排工作、管理考勤，即使工资由其他公司代发，仍与该公司建立劳动关系。同时，《中华人民共和国个人所得税法》第九条规定，支付所得的单位为扣缴义务人。代发工资的公司作为支付方，履行了个税申报义务，这表明其是实际支付所得的主体，但劳动关系的认定核心是“用工事实”，而非工资支付主体。因此，您与签订合同的公司的劳动关系是否成立，需结合用工管理事实判断，代发公司的个税申报行为不直接否定合同公司的用工主体地位。

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